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正常人的咽部和扁桃体隐窝内存在某些病原体，在机体抵抗力降低时，病原体大量繁殖，细菌侵入扁桃体实质可发生炎症，过度劳累、烟酒过度、有害气体刺激、上呼吸道有慢性病灶均可为诱发因素。病原体主要包括乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌、腺病毒、鼻病毒等。细菌和病毒混合感染者并不少见，其中还发现有厌氧菌感染者。扁桃体发炎包括急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎。慢性扁桃体炎都由急性扁桃体炎反复发作引起。
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