牙签的卫生状况和正确使用直接关系到牙齿的保健和口腔卫生，切不可掉以轻心。不正确的使用牙签至少有四大危害：
首先是消毒不严、管理不善的牙签易引起疾病。任人抓取的牙签上附带的各种各样的细菌、病毒会通过牙签进入人体内，据卫生部门化验，一根小小的牙签上竟“藏”着几万个细菌。
其次是牙签使用不当，将导致牙周疾病。医.学教育网搜集整理如果无塞牙现象而乱剔牙或牙签使用不当就会造成牙龈炎、牙龈萎缩、牙间隙增大而导致牙周疾病，切不可将牙签用力压入牙间乳头区，因为这样会使本来没有间隙的牙齿间隙增大造成牙周病。
第三，叼含牙签不慎可能危及生命。据济南市口腔医院介绍，有消费者因叼含牙签不小心吞进肚内，把小肠穿破，经医院紧急手术开刀才从体内取出，险些丢了性命，类似患者近期该院已收治两例。
此外，木制牙签造成木材消耗巨大，同时牙签生产走街串巷和使用后也对环境造成污染。
