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早期的牙骨质龋扫描电镜即可见表面小而浅的凹陷内有大量的细菌及菌斑。病变始于菌斑下，早期病变为表层下脱矿，脱矿后释放的无机盐离子、唾液和菌斑中的矿物离子可重新沉积于牙骨质表面，造成表层矿化相对增高。显微放射摄影显示表层下脱矿，而表层矿化相对增高。随着病变进展，细菌产生的蛋白溶解酶破坏有机基质，病变既可沿与牙面垂直的穿通纤维向深层进展，也可沿与牙面平行的生长线及层板状结构向牙骨质上、下扩展。病变进展，牙骨质磷灰石晶体出现程度不同的溶解、破坏，胶原纤维断裂消失，最终结构崩解、龋洞形成。由于牙骨质较薄，脱矿的牙骨质很容易沿生长线崩裂、缺失而使病变较快地累及牙本质，形成类似于冠部牙本质龋的组织学改变，或形成牙骨质下的潜行性龋。同样，牙骨质龋进展缓慢时，在相应的髓腔侧也可出现类似于冠部牙本质龋发生时 的修复反应，即形成修复性牙本质。
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