RNA聚合酶识别启动子序列的过程是通过特定的蛋白质- DNA相互作用来实现的。在原核生物中，RNA聚合酶本身具有能够直接识别启动子区域的能力，但在真核生物中，这个过程更为复杂，需要一系列转录因子的帮助。

对于原核生物来说，RNA聚合酶的核心酶部分与一个称为σ因子（sigma factor）的小亚基结合形成全酶。这个σ因子负责识别DNA上的特定序列即启动子区。启动子通常位于基因的上游区域，大约在-10和-35位置有两个保守的六碱基序列，分别被称为Pribnow盒（或TATA盒，在真核生物中）和-35区。当全酶沿DNA滑动时，σ因子可以与这些特定位点结合，使得RNA聚合酶能够准确地停靠在启动子上，并开始转录过程。

而在真核生物中，启动子的结构更加复杂，通常包含多个元件如TATA盒、CAAT盒等。这些元件需要特定的转录因子来识别并结合。例如，TATA盒由通用转录因子TFIID中的TBP亚单位特异性地识别和结合。随后其他转录因子也会陆续被招募到启动子区域形成一个大的复合物，最终将RNA聚合酶II引导至正确的起始位点，开始基因的转录。

总之，无论是原核还是真核生物，RNA聚合酶都是通过与启动子序列上的特定基序相结合或借助于其他辅助蛋白（如σ因子和各种转录因子）的作用来实现对启动子的选择性识别。