口腔微生物的能量代谢过程与大多数其他生物类似，主要通过分解有机物质来产生ATP（三磷酸腺苷），这是一种细胞可以直接使用的能量形式。在口腔环境中，这些微生物通常会利用糖类、蛋白质等营养物质作为底物进行代谢。
1. 糖酵解途径：这是最普遍的能量生成方式之一。当微生物摄取到葡萄糖后，通过一系列酶促反应将其分解成两个丙酮酸分子，在这个过程中会产生少量的ATP和NADH（还原型烟酸胺腺嘌呤二核苷酸）。此过程可以在无氧条件下进行。
2. 发酵：在缺乏氧气的情况下，某些口腔微生物会进一步将糖酵解产生的丙酮酸转化为乳酸、乙醇或其他产物。这不仅有助于再生NAD 以维持糖酵解循环的继续运行，同时也能产生少量额外的ATP。
3. 呼吸链与氧化磷酸化：对于能够进行有氧代谢的口腔微生物来说，在氧气存在下，它们会利用电子传递系统（即呼吸链）将NADH和FADH2中的高能电子逐步传递给最终受体——氧气，并形成水。此过程中质子被泵出线粒体内膜外侧，产生跨膜电化学梯度，进而驱动ATP合成酶工作，大量生产ATP。

通过上述途径，口腔微生物能够有效地将环境中的营养物质转化为自身所需的能量形式ATP，支持其生长繁殖及各种生命活动。