多肽链形成蛋白质结构是一个复杂而有序的过程，主要包括以下几个步骤：
1. 一级结构：这是指氨基酸通过肽键连接形成的线性序列。每种蛋白质的一级结构都是特定的，决定着其后续更高层次的结构。
2. 二级结构：在一级结构的基础上，由于氢键的作用，多肽链可以折叠成规则的局部构象，如α-螺旋和β-折叠等。这些构象使得多肽链具有一定的刚性和稳定性。
3. 三级结构：在二级结构的基础上，蛋白质分子中不同部分通过疏水作用、范德华力、静电相互作用（包括盐桥）以及二硫键等方式进一步折叠成一个特定的空间构型。这种三维构型对于蛋白质的功能至关重要。
4. 四级结构：有些蛋白质由多个多肽链组成，这些多肽链之间也会发生上述类似的作用，从而形成更加复杂的四级结构。并非所有蛋白质都具有四级结构，这主要取决于其是否为单体或多聚体形式存在。
整个过程中，蛋白质的最终构象受到多种因素的影响，如pH值、温度、离子强度等环境条件的变化都会影响到蛋白质的空间结构及其功能表现。
