免疫系统能够区分自身与非己，主要是通过一系列复杂的识别机制来实现的。首先，人体内的每一个细胞表面都有特定的分子标记，这些标记被称为主要组织相容性复合体（MHC）分子，在人类中也称为人类白细胞抗原（HLA）。这些分子就像是细胞的身份证明，告诉免疫系统“我是属于你的”。
当免疫系统的细胞遇到其他细胞时，它们会检查这些细胞表面的MHC/HLA分子。如果识别到的是自身细胞上的MHC/HLA分子，则免疫细胞不会发起攻击；相反，如果遇到的是外来物质或被病毒感染的细胞等非己成分，其表面上的分子与正常自体细胞不同，免疫系统就会启动防御反应来清除这些威胁。
此外，T淋巴细胞在胸腺中发育成熟时会经历一个选择过程，只有那些能够识别自身MHC但不强烈反应于它的T细胞才能存活并参与后续的免疫应答。这一机制进一步确保了正常情况下免疫系统不会对自身的健康组织造成伤害。
然而，在某些特殊情况下，如自身免疫性疾病的发生，这种区分能力可能会出现异常，导致免疫系统错误地攻击自己的组织和器官。
