正常菌群和致病菌在口腔环境中是共存的关系，但它们之间存在明显的区别。首先从定义上来看，正常菌群是指那些长期存在于人体特定部位、与宿主保持共生关系的微生物群体，对维持机体健康具有重要作用。而致病菌则是指能够引起疾病的微生物。
1. 生理功能：正常菌群有助于抑制潜在有害细菌的增长，促进营养物质吸收，并参与免疫系统的成熟和发展。相反，当致病菌大量繁殖或入侵非其自然栖息地时，则会导致感染性疾病的发生。
2. 存在部位：正常情况下，人体口腔内的微生物种类相对固定且数量稳定；而某些特定条件（如免疫力下降、环境变化等）下，一些原本属于外界的细菌或者口腔内少量存在的致病菌可能会过度生长成为优势种群。
3. 生化特性与遗传学特征：通过生化试验和分子生物学方法可以对不同细菌进行鉴定。例如，利用16S rRNA基因测序技术能够准确识别出细菌种类；同时还可以根据其代谢产物、酶活性等差异来区分正常菌群与致病菌。
4. 临床表现：从临床上看，如果患者出现口腔溃疡、牙龈出血等症状，并且通过涂片染色或培养发现有异常的微生物存在，则可能提示为致病菌感染。

在实际工作中，医生需要结合患者的病史、体征以及实验室检查结果综合判断是否发生了由致病菌引起的疾病。同时也要注意维护好口腔内的正常菌群平衡，避免滥用抗生素导致耐药性和生态失衡问题的发生。