牙骨质和牙本质是牙齿结构中的两种重要组成部分，它们在功能、结构和组成上都有所不同。
1. 位置：牙骨质覆盖于牙根表面的一层硬组织，而牙本质则是构成牙齿主体的硬组织，位于牙釉质（牙齿最外层）之下或牙骨质之内，包围着牙髓腔。
2. 组成与结构：
- 牙骨质主要由无机盐、胶原纤维和水组成，其中无机成分主要是羟基磷灰石晶体。其显微结构中可见到细胞突起的痕迹——牙骨质小管。
- 牙本质同样含有大量无机物（如钙、磷），但还包含有较多的有机物质，尤其是胶原蛋白。牙本质中有许多细长的小孔道称为牙本质小管，这些小管从髓腔向外延伸至牙釉质或牙骨质边缘。
3. 功能：
- 牙骨质的主要作用是保护和支持根部结构，并为牙周韧带提供附着点。
- 牙本质不仅提供了牙齿的形状和支撑力，还具有感知功能。通过牙本质小管内的成牙本质细胞突起与外界刺激产生联系，进而传递给神经末梢。
4. 形态学特征：
- 牙骨质表面较为平滑，颜色呈淡黄色。
- 牙本质颜色略深，质地比牙骨质更硬且致密。

5. 生理特性：两者都能进行一定程度的再生修复。但是牙骨质的再生能力较强，在生理条件下可以持续形成新层；而牙本质在受到损伤时只能通过继发性或反应性的方式生成少量的新物质来封闭暴露的小管，以减少敏感性和进一步损害。

综上所述，虽然牙骨质和牙本质都是牙齿的重要组成部分，但它们在位置、组成、结构以及功能等方面存在着明显的差异。