在医疗纠纷中，认定医疗机构是否存在过错主要依据以下几个方面：
1. 医疗行为是否符合诊疗规范：这是判断医疗机构及其医务人员是否有过错的重要标准。如果医疗机构的诊疗活动违反了国家或行业的诊疗技术操作规程、临床路径等规定，则可能被认定为存在过错。
2. 是否履行了告知义务：患者在接受医疗服务时，有权利知道自己的病情、治疗方案以及可能出现的风险等情况。如果医疗机构未能充分履行告知义务，导致患者无法做出知情同意的决定，也可能被视为有过错。
3. 患者损害后果与医疗行为之间是否存在因果关系：即使医疗行为存在不当之处，但如果患者的损害并非由该不当行为直接引起，则不能认定医疗机构有过错。反之，若能证明两者间存在明确的因果联系，则可以作为认定过错的一个依据。
4. 医疗机构及其医务人员是否尽到了注意义务：即在提供医疗服务过程中，是否采取了合理的预防措施来避免或减少可能发生的损害。如果未能履行相应水平的专业谨慎和勤勉职责，也可能构成过错。
5. 其他法律规定：如《中华人民共和国侵权责任法》等相关法律对医疗机构的特殊要求等。

综上所述，在具体案件中认定医疗机构是否存在过错需要综合考虑上述因素，并结合实际情况进行分析判断。如果遇到复杂的医疗纠纷问题，建议寻求专业的法律顾问帮助。