治疗自体瓣膜感染性心内膜炎的首选药物主要取决于病原微生物的类型。通常情况下，抗生素是治疗的主要手段，具体选择需根据血培养和药敏试验结果来确定。常见的首选药物包括：
1. 对于由甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌引起的感染，可选用萘夫西林或苯唑西林联合庆大霉素；若患者对青霉素过敏，则可以使用万古霉素。
2. 对于草绿色链球菌和肠球菌属细菌导致的心内膜炎，一般推荐使用青霉素G与氨基糖苷类药物（如庆大霉素）的组合疗法。对于青霉素过敏者，可选用氨苄西林加氨基糖苷类药物或万古霉素单用。
3. 对于耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)，首选万古霉素治疗。
4. 如果是由其他革兰阴性杆菌引起，则可能需要使用第三代头孢菌素（如头孢曲松）或其他广谱抗生素，具体需根据药敏结果调整。
在实际临床应用中，医生会根据患者的具体情况、感染部位以及当地的耐药情况来选择最合适的治疗方案。整个疗程通常较长，需要密切监测患者的反应及药物副作用，并及时调整治疗计划。
