功能改变对蛋白结构有着多方面复杂且相互关联的影响。从分子层面来看，蛋白质的功能与其结构是紧密相关的，当功能发生改变时，蛋白结构通常也会出现相应的调整。

首先，当蛋白质功能增强时，可能需要更稳定的结构来支持其高效运作。例如，某些酶在被激活后，为了更好地催化底物反应，其活性中心的结构会发生精细的变化。原本可能处于相对松散状态的活性中心氨基酸残基会通过构象调整，形成更有利于底物结合和催化反应进行的空间结构。这种结构变化可能涉及到氢键、离子键等非共价键的重新排布，使得活性中心与底物之间的亲和力增加，从而提高催化效率。

相反，当蛋白质功能减弱或丧失时，其结构可能会变得不稳定。比如，一些蛋白质在受到外界因素如高温、高浓度化学试剂等影响后，功能会下降甚至丧失，此时蛋白质的高级结构会被破坏。原本规则的二级结构如α - 螺旋和β - 折叠可能会解旋或展开，三级结构中的疏水相互作用、范德华力等维持结构稳定的力量也会被削弱，导致蛋白质分子变得松散无序。

此外，蛋白质功能的改变还可能引发亚基之间相互作用的变化。对于具有多个亚基的蛋白质复合物来说，功能的改变可能会使亚基之间的结合方式发生改变。如果功能要求亚基之间有更紧密的协作，那么亚基之间的接触界面可能会增大，相互作用的化学键数量可能会增多；反之，如果功能需求降低，亚基之间的结合可能会变弱，甚至导致复合物解离。

在进化过程中，蛋白质功能的改变会驱动结构的长期演化。当生物面临新的生存环境或功能需求时，蛋白质会逐渐发生结构上的改变以适应新的功能。这种改变可能是通过基因突变导致氨基酸序列的变化，进而影响蛋白质的折叠和最终结构，使得蛋白质能够更好地执行新的功能。

总之，功能改变与蛋白结构之间存在着动态的相互关系，功能的变化会促使蛋白结构进行相应的调整，以满足生物体内各种生理过程的需求。