细菌遗传变异的物质基础包括细菌染色体、质粒、转位因子和噬菌体等。

细菌染色体是细菌的主要遗传物质，存在于细菌的核质中，为环状双螺旋DNA。它携带了细菌生长、繁殖、代谢等基本生命活动所必需的基因。细菌染色体上的基因按一定顺序排列，控制着细菌的各种性状。例如，编码细菌细胞壁合成相关酶的基因就在染色体上，这些基因的正常表达保证了细菌细胞壁的正常合成，维持细菌的形态和稳定性。而且，细菌染色体上的基因可以通过转录和翻译过程，合成各种蛋白质，从而实现细菌的各种生理功能。

质粒是细菌染色体外的遗传物质，为闭合环状的双链DNA。质粒具有自主复制能力，能在细菌细胞内独立于染色体进行复制，并随细菌的分裂传递给子代细胞。质粒携带的基因可以赋予细菌一些特殊的性状，如耐药性、毒力、细菌素产生能力等。例如，耐药性质粒可以编码产生使抗生素失活的酶，或者改变细菌细胞膜的通透性，使抗生素无法进入细菌细胞内，从而使细菌对相应的抗生素产生耐药性。

转位因子是一类可在细菌染色体、质粒或噬菌体之间自行移动的遗传成分，包括插入序列、转座子等。转位因子可以从一个位置转移到另一个位置，当它插入到细菌的某个基因中时，可能会导致该基因的功能发生改变，引起细菌的遗传变异。例如，转座子携带的耐药基因可以在不同的细菌之间转移，使得耐药性在细菌群体中迅速传播。

噬菌体是感染细菌的病毒，某些噬菌体在感染细菌后，其基因组可以整合到细菌染色体中，成为细菌遗传物质的一部分。噬菌体的这种整合作用可以将噬菌体的基因传递给细菌，使细菌获得新的性状。例如，一些温和噬菌体感染细菌后，可使细菌产生毒素，增强细菌的致病性。

综上所述，细菌染色体、质粒、转位因子和噬菌体等共同构成了细菌遗传变异的物质基础，它们相互作用、相互影响，使得细菌能够适应不同的环境，发生遗传变异。