牙本质龋和牙骨质龋在发病部位、病理过程、临床表现等方面存在诸多差异。

发病部位上，牙本质龋主要发生于牙本质，通常是在釉质龋向深部发展累及牙本质后引发。而牙骨质龋多发生于牙颈部，因为此处牙骨质较薄，且容易受到牙龈退缩、牙菌斑堆积等因素影响，暴露的牙骨质易被细菌侵袭。

病理过程方面，牙本质龋有其独特的分层结构。表层是坏死崩解层，细菌侵入并分解牙本质，导致组织坏死崩解；其下是细菌侵入层，细菌沿牙本质小管侵入，使小管扩张变形；再往下是脱矿层，虽无细菌侵入，但矿物质溶解；最内层是透明层，牙本质小管内矿物盐沉积。牙骨质龋早期表现为表层脱矿，细菌先沿穿通纤维侵入，随后沿生长线和层板状结构向深层扩展，随着病变进展，牙骨质剥脱，下方牙本质暴露并继发牙本质龋。

临床表现上，牙本质龋进展相对较快，患者可能较早出现冷热刺激痛等症状，因为牙本质中有神经末梢，病变刺激容易引发疼痛反应。牙骨质龋进展较为缓慢，早期一般无明显症状，当病变累及牙本质时才可能出现类似牙本质龋的症状。而且牙骨质龋在X线片上表现为牙颈部的透射区，牙本质龋则显示为牙冠部或牙本质层内的透射影。

治疗上，牙本质龋由于病变范围和深度不同，治疗方法多样，可能需要去净腐质后直接充填，若累及牙髓则需进行根管治疗。牙骨质龋若范围较小，可去除龋坏组织后充填；若病变广泛且累及牙髓，同样需要根管治疗。