慢性骨髓炎手术指征主要包括以下几个方面。

首先是有死骨形成且已分离清楚。死骨是慢性骨髓炎的重要病理表现之一。在炎症持续过程中，骨质因血运障碍等原因发生坏死，当死骨与周围正常骨组织分离后，它就成为了感染源持续存在于骨髓腔内，会不断刺激周围组织产生炎症反应，导致病情迁延不愈。此时通过手术将死骨摘除，能够去除主要的感染病灶，为骨髓炎的治愈创造条件。

其次是有死腔存在。死腔是由于骨质破坏、吸收后形成的空腔，其中往往充满了炎性肉芽组织、脓液等。死腔的存在使得局部血液循环差，药物难以到达，细菌容易在其中滋生繁殖。手术可以清除死腔内的坏死组织和炎性物质，并对死腔进行处理，如采用肌瓣填塞等方法，以消灭死腔，改善局部血运，促进愈合。

再者是窦道流脓经久不愈。长期的窦道流脓表明骨髓炎处于慢性活动状态，窦道成为了细菌排出的通道，同时外界细菌也可能通过窦道再次进入骨髓腔，导致感染反复。手术切除窦道可以阻断细菌的进出途径，减少感染的机会。

另外，当慢性骨髓炎导致病理性骨折不愈合，或者由于骨质破坏、增生导致肢体畸形、功能障碍等严重影响患者生活质量时，也需要进行手术治疗。手术可以通过矫正畸形、促进骨折愈合等方式来改善患者的症状和功能。

总之，慢性骨髓炎手术指征的判断需要综合考虑患者的具体病情，包括死骨、死腔、窦道以及对肢体功能的影响等多方面因素，以制定最适合患者的治疗方案。