在蛋白质分子中，肽键、氢键、二硫键、疏水作用力和范德华力等对于维持其结构都起着重要作用。但如果要说哪一种最为关键，通常认为肽键是基础，它通过氨基酸之间的连接形成了蛋白质的主链，是蛋白质一级结构的基础。除此之外，次级结构（如α-螺旋和β-折叠）主要由氢键稳定；而三级结构则依赖于多种作用力，包括但不限于二硫键、疏水作用力和范德华力等，这些力量共同决定了蛋白质的空间构象，对维持其生物活性至关重要。
在特定情况下，某些类型的键可能显得更加重要。例如，在需要高度稳定的蛋白质中，如酶的活性中心或细胞膜蛋白中，二硫键可以提供额外的稳定性；而在水溶性区域，氢键和疏水作用力则更为关键。因此，可以说每种键都在不同层面上对维持蛋白质结构发挥着不可或缺的作用，但肽键作为构建蛋白质的基础，在生物学意义上被认为是最重要的。
