在酶免疫技术中，常用的酶主要有辣根过氧化物酶（HRP）、碱性磷酸酶（ALP）以及β-半乳糖苷酶。这些酶因其高催化效率、稳定性好、易于纯化和标记等优点而在免疫检测中广泛应用。
1. 辣根过氧化物酶（HRP）：是最常用的标记酶之一，具有良好的稳定性和较高的敏感度。它能够与多种底物反应产生颜色变化或发光现象，便于定性或定量分析。在ELISA、Western Blot等实验技术中应用广泛。
2. 碱性磷酸酶（ALP）：该酶对pH值的适应范围较广，在碱性环境下活性最强。其底物种类多，如NBT/BCIP可产生蓝色沉淀，适用于组织化学染色；当使用荧光或发光底物时，则可用于高灵敏度检测。
3. β-半乳糖苷酶：此酶主要应用于基因工程领域，特别是在蓝白斑筛选中起到重要作用。此外，在某些特定的免疫测定方法中也作为标记酶使用，如ELISPOT技术等。

这些酶的选择取决于具体的实验需求、底物类型以及预期的结果形式（比如颜色变化、荧光或发光）。在实际操作过程中，还需要考虑成本效益比等因素来确定最合适的酶种类。