微生物变异的主要机制有以下几个方面：
1. 基因突变：这是指微生物DNA或RNA序列发生改变，可以是碱基替换、插入或者删除。基因突变在自然条件下随机发生，但在某些环境因素如辐射、化学物质等作用下，其频率会增加。
2. 重组与转导：当不同菌株之间通过接合（Conjugation）、转化（Transformation）或噬菌体介导的转导（Transduction）过程交换遗传信息时，也可能导致基因型发生变化。这些过程中，微生物可以获得新的抗药性、毒力因子等特性。
3. 质粒转移：质粒是存在于许多细菌细胞内的小型环状双链DNA分子，它们可以携带各种对宿主有利的基因（如抗生素耐药基因）。通过接合等方式在不同菌株间传递质粒，能够快速传播这些有益性状。
4. 基因表达调控变化：即使没有发生直接的遗传物质改变，微生物也可能因为外界条件的变化而调整其内部代谢途径和生理状态。例如，在面对药物压力时，某些细菌可能通过上调外排泵系统来增强对药物的排出效率，从而表现出抗药性。
5. 水平基因转移：除了上述提到的接合、转化和转导之外，还有其他形式的水平基因转移（Horizontal Gene Transfer, HGT），如通过噬菌体介导的转座子移动等。HGT使得微生物能够在非亲缘关系之间快速获得新的遗传信息。

这些机制共同作用于微生物群体中，促进了它们适应环境变化的能力，并且对于理解病原微生物进化及开发新型治疗策略具有重要意义。