引起百日咳的鲍特菌是百日咳博德氏菌（Bordetella pertussis）。这种细菌主要通过飞沫传播，感染人体后会引发呼吸道疾病。典型症状包括阵发性痉挛性咳嗽、吸气时有特殊的高调鸡鸣样吼声，病程较长，可持续数周甚至数月，因此称为百日咳。此外，还有一种较为温和的病原体——副百日咳博德氏菌（Bordetella parapertussis）也可以引起类似但通常较轻的症状。在微生物检验中，可以通过培养、PCR检测或血清学方法来诊断这两种细菌感染。
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