肝素主要通过激活抗凝血酶III（AT III）来发挥其抗凝作用。当肝素与抗凝血酶III结合后，可以显著增加抗凝血酶III对多种凝血因子的抑制能力，尤其是对凝血因子IIa（凝血酶）和Xa的抑制作用更为明显。这样就能有效地阻止血液凝固过程，达到抗凝的效果。
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