消化道感染是由多种病原体引起的，常见的病原有细菌、病毒、真菌和寄生虫。具体来说：

1 细菌性病原体：比如沙门氏菌属（Salmonella spp.）、志贺氏菌属（Shigella spp.）、大肠杆菌（Escherichia coli，特别是产毒素的大肠杆菌如ETEC, EPEC等）、弯曲杆菌属（Campylobacter spp.）、霍乱弧菌（Vibrio cholerae）和幽门螺杆菌（Helicobacter pylori）。这些细菌可以引起食物中毒、急性胃肠炎、腹泻等症状。

2 病毒性病原体：常见的包括诺如病毒（Norovirus）、轮状病毒（Rotavirus）、腺病毒（Adenovirus）等，其中以诺如病毒和轮状病毒最为常见，它们主要通过粪-口途径传播，可导致急性胃肠炎、呕吐、腹泻等症状。

3 真菌性病原体：虽然相对少见，但在免疫力低下的人群中可能发生真菌引起的消化道感染。常见的有念珠菌属（Candida spp.）等。

4 寄生虫性病原体：如阿米巴原虫（Entamoeba histolytica）、贾第鞭毛虫（Giardia lamblia）、隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）等，这些寄生虫可通过污染的水源或食物传播，引起腹泻、腹痛等症状。

在实际临床工作中，根据患者的具体症状和流行病学史选择合适的检查方法来确定具体的病原体是非常重要的。