人体内常见的致病性鞭毛虫主要包括以下几种：
1. 溶组织内阿米巴（Entamoeba histolytica）：虽然溶组织内阿米巴严格意义上不属于鞭毛虫，但其生活周期中存在一个具有鞭毛的阶段。它主要引起阿米巴痢疾和肝脓肿。
2. 杜氏利什曼原虫（Leishmania donovani）：这种寄生虫可以导致黑热病，通过白蛉叮咬传播给人类。杜氏利什曼原虫在人体内以无鞭毛体形式存在于巨噬细胞中，在媒介昆虫体内则变为具有鞭毛的前鞭毛体。
3. 锥虫（Trypanosoma spp.）：如非洲睡眠病的病原体——冈比亚锥虫和罗得西亚锥虫，以及美洲锥虫病（查加斯病）的病原体——克鲁兹锥虫。这些寄生虫通过吸血昆虫传播，在人体血液中以鞭毛体形式存在。
4. 蓝氏贾第鞭毛虫（Giardia lamblia 或 Giardia intestinalis）：这是一种广泛分布于全球的肠道寄生虫，主要引起贾第虫病，表现为腹泻、腹痛等症状。蓝氏贾第鞭毛虫在人体小肠内以滋养体形式生存，在外界环境中则形成囊包。

以上就是一些常见的人体内致病性鞭毛虫，它们分别通过不同的途径感染人类，并引发相应的疾病。临床上对于这些寄生虫的诊断通常需要结合流行病学史、临床表现及实验室检查结果综合判断。