细菌分类主要依据以下几个方面：
1. 形态学特征：通过显微镜观察细菌的大小、形状和排列方式，如球形（球菌）、杆状（杆菌）或螺旋形等。
2. 生理生化特性：包括营养需求、代谢产物、酶活性及耐药性等方面。例如，某些细菌能够分解特定底物产生气体或者改变培养基颜色，这些都可以作为分类依据。
3. 培养特征：观察细菌在不同种类的培养基上的生长情况，如菌落形态、颜色、边缘等。
4. 革兰氏染色反应：根据细胞壁结构的不同，将细菌分为革兰阳性菌和革兰阴性菌两大类。这是细菌分类中非常重要的一个步骤。
5. DNA碱基组成与序列分析：通过测定G C含量或进行16S rRNA基因测序等方法来确定不同菌种之间的亲缘关系。
6. 抗原结构：某些特定的抗原可以用来区分不同的血清型，如O抗原和H抗原在肠道杆菌中的应用。
7. 生态学特性：了解细菌的生活环境、宿主范围及其与人类疾病的关系等信息也有助于分类研究。
