孢子虫是一类原生动物，包括了多种可以引起人类疾病的种类，如疟疾、弓形虫病等。对于孢子虫感染的确诊，主要依赖于实验室检查，具体方法如下：
1. 直接镜检法 这是最常用也是最直接的方法之一，通过采集患者的血液、粪便或组织液等样本，在显微镜下观察是否有寄生虫的存在。例如疟疾可以通过血片染色后在光学显微镜下查找疟原虫；而弓形虫感染则可通过脑脊液或者活检标本进行检测。
2. 培养法 对于某些不易直接观察到的孢子虫，可以将疑似含有寄生虫的样本接种至特定培养基中，经过一定时间后检查是否长出目标微生物。此方法主要用于科研或特殊病例的确诊。
3. 分子生物学技术 包括PCR（聚合酶链反应）等分子生物学手段，能够快速准确地检测到极低浓度下的病原体DNA/RNA序列，适用于早期诊断和流行病学调查。
4. 血清学试验 通过测定患者血清中针对特定孢子虫抗原的抗体水平来辅助判断感染情况。例如ELISA（酶联免疫吸附试验）可用于筛查弓形虫感染。
5. 免疫荧光法 利用标记了荧光素的特异性抗体与寄生虫结合，在荧光显微镜下观察，可提高检测灵敏度和特异性。

以上这些方法各有优缺点，在实际应用时需根据具体情况选择合适的诊断手段。