慢性排斥反应是器官移植后长期存在的一个问题，它与急性排斥反应相比，发生的时间更长、进展更为缓慢。这种类型的排斥反应主要影响到移植的器官功能，导致其逐渐丧失正常的功能，最终可能导致器官衰竭。

在慢性排斥反应中，免疫系统会持续地对移植物进行攻击，这涉及到T细胞介导的免疫反应以及体液免疫反应。具体来说，慢性排斥反应可能通过以下几种方式影响移植器官：
1. 血管损伤：慢性排斥过程中，免疫系统的激活会导致血管内皮细胞受损，引起血管炎症和纤维化，减少血流至移植器官，从而影响其功能。
2. 间质纤维化：长期的免疫攻击还会导致移植物内部组织出现瘢痕形成（即纤维化），这会干扰正常的组织结构和功能，使器官逐渐丧失其正常的工作能力。
3. 管腔狭窄：在某些类型的移植如心脏或肺部移植中，慢性排斥反应可引起冠状动脉或其他重要血管的管腔变窄，限制血液供应，影响这些器官的功能表现。
4. 细胞浸润：长期存在的免疫应答会导致各种炎症细胞（如淋巴细胞、巨噬细胞等）不断向移植物内迁移并聚集，进一步加剧局部组织损伤。

为了预防和治疗慢性排斥反应，临床上通常需要患者终身服用免疫抑制剂，并定期监测器官功能状态。此外，研究者也在探索新的治疗方法和技术以提高移植成功率，减少慢性排斥的发生率。