在选择分离培养基时，主要需要考虑以下几个因素：
1. 微生物的种类和特性：不同的微生物对营养的需求不同，有的微生物可能需要特定的生长因子或环境条件。因此，在选择培养基时，首先要了解待分离微生物的基本特性和营养需求。
2. 培养目的：根据实验的具体目标来选择适合的培养基。比如是想要进行纯种分离、鉴定还是观察某种特殊的生理现象等，不同的实验目的可能需要不同类型的培养基。
3. 选择性与非选择性：如果目的是从混合样本中分离出特定种类的微生物，则应选用具有较强选择性的培养基；而当目标是对所有可存活菌群进行普查时，则可以考虑使用通用型或非选择性的培养基。
4. 显色效果：某些特制的显色培养基能够帮助快速识别目标细菌，通过颜色变化直观地显示出不同微生物的存在状态。对于需要高效筛选大量样本的情况尤其适用。
5. 成本效益：在满足实验需求的前提下，还应综合考虑培养基的成本和可获得性，尽量选择性价比高的产品。
6. 安全性和环保性：确保所选用的培养基对人体无害，并且易于处理，不会对环境造成污染。