常用的真菌培养基有多种，它们能够满足不同种类真菌生长的需求。沙保弱氏葡萄糖琼脂（Sabouraud Dextrose Agar, SDA）是最常见的真菌培养基之一，特别适合于皮肤、指甲和毛发等标本中分离真菌。另外，脑心浸膏葡萄糖琼脂（Brain Heart Infusion with Glucose）也常用于真菌的初筛。马铃薯葡萄糖琼脂（Potato Dextrose Agar, PDA）因其营养丰富，也被广泛应用于真菌培养。
为了提高某些特定类型真菌的检出率，临床上还会使用一些特殊的选择性或鉴别性培养基。例如，鸟氨酸脱羧酶试验培养基可以用于区分烟曲霉和其他曲霉属；而尿素琼脂则有助于检测白假丝酵母等能分解尿素的真菌。
此外，在处理临床标本时，为了抑制细菌和非目标真菌的生长，通常还会在上述基础培养基中添加抗生素如氯霉素、庆大霉素或两性霉素B等。通过选择合适的培养基并结合适当的孵育条件，可以有效提高真菌感染诊断的准确性和效率。
