在荧光免疫分析中，直接法和间接法是两种不同的检测方法，它们的主要区别在于抗体的标记方式以及操作步骤的不同。
1. 直接法：这种方法是将荧光素直接标记到针对特定抗原的第一抗体上。当这个已标记的抗体与样本中的目标抗原结合后，可以直接通过荧光检测来观察或测量。优点是特异性高、背景干扰少，因为没有非特异性的次级反应；但缺点是需要为每种待测抗原准备相应的荧光素标记抗体，成本较高且制备过程复杂。
2. 间接法：在间接法中，并不直接将荧光素标记到第一抗体上。而是先让未标记的第一抗体与样本中的目标抗原结合形成免疫复合物。然后加入一种能够特异性识别并结合该第一抗体的第二抗体，这个第二抗体被预先标记了荧光素。通过检测这层间接形成的荧光标记复合物来实现对抗原的测定。这种方法的优点是可以使用同一种荧光标记的二抗对多种不同的第一抗体进行检测，灵活性和经济性较好；但是可能会因为多步骤操作而引入更多的非特异性结合或交叉反应问题。

总的来说，直接法与间接法各有优缺点，在实际应用中需要根据具体实验需求选择合适的方法。