先天性感染的诊断通常依赖于多种免疫学检测方法，但最常用的主要有以下几种：
1. 特异性抗体检测：比如IgM和IgG抗体。新生儿如果在出生时或者出生后不久就检测到特异性的IgM抗体，则提示可能存在宫内感染，因为新生儿自身不能产生针对病原体的IgM抗体，其体内存在的IgM通常是母体通过胎盘传递给胎儿的。而高水平的IgG抗体可能表明母亲曾经感染过该病原体，并将这些抗体传给了婴儿。
2. PCR技术：即聚合酶链反应，可以用来检测血液或其他体液中的病毒DNA或RNA，对于某些先天性病毒感染（如巨细胞病毒、风疹病毒等）具有较高的敏感性和特异性。
3. 抗原检测：直接从样本中寻找病原微生物的特定抗原成分，例如使用免疫荧光法或者ELISA方法来检测。
4. 细胞学和组织
病理学检查：对于某些先天性感染（如弓形虫、梅毒螺旋体等），还可以通过显微镜下观察细胞或组织的变化来进行辅助诊断。
每种检测手段都有其优势与局限，临床医生通常会结合病史、症状以及多种实验室结果综合判断。
