检测先天性感染常用的方法主要包括病原体直接检测、血清学检测以及分子生物学技术。具体如下：
1. 病原体直接检测：可以通过对新生儿的血液、脑脊液、尿液等样本进行涂片染色后显微镜检查，或通过培养方法来寻找病原微生物。例如，在怀疑先天性弓形虫感染时，可以采集羊水或新生儿血样做弓形虫特异性抗原检测。
2. 血清学检测：主要是测定母体及新生儿血液中特定抗体（如IgM和IgG）水平，以判断是否存在宫内感染。例如，对于先天性风疹病毒感染，可以通过检测新生儿血清中的风疹病毒IgM抗体来确认诊断。
3. 分子生物学技术：利用PCR等基因扩增技术直接从临床标本中检测病原体的核酸序列，这种方法具有高灵敏度和特异性，在早期诊断和快速筛查方面有明显优势。比如先天性巨细胞病毒感染，可以通过实时荧光定量PCR方法来测定新生儿尿液或唾液中的CMV DNA。
以上这些方法可以单独使用也可以联合应用，以提高检测准确性和效率。在实际操作过程中需要根据具体的病原体类型、临床表现及实验室条件选择最合适的检测方案。
