在实验室中，确诊耶尔森菌（如小肠结肠炎耶尔森菌）感染主要依赖于微生物学检测方法。具体步骤包括：
1. 样本采集：根据患者的临床症状和体征，选择合适的样本类型进行检测。常见的样本有粪便、血液、尿液或脓肿等病变部位的分泌物。
2. 直接镜检：取适量标本制备涂片后染色（如革兰氏染色），观察细菌形态特征。耶尔森菌为革兰阴性杆菌，但此方法敏感性和特异性较低，主要用于初步筛查。
3. 分离培养：将样本接种至选择性培养基上，例如SS琼脂、麦康凯琼脂等，在适宜条件下（一般为25°C或37°C）孵育24-48小时。耶尔森菌能在这些培养基上形成特征性的菌落，如小肠结肠炎耶尔森菌在25°C生长良好且具有β-半乳糖苷酶活性。
4. 生化反应：对疑似菌株进行一系列生化试验以确定其种类，常用的有IMViC试验、三糖铁试验等。此外，还可以通过检测其特有的抗原如O抗原和H抗原来辅助鉴定。
5. 分子生物学方法：利用PCR技术扩增特定基因序列来快速准确地识别耶尔森菌属细菌及其亚种。此法具有高敏感性和特异性，在早期诊断中尤为重要。
6. 血清学检测：通过测定患者血清中的抗体水平变化，间接判断是否发生过感染。但这种方法不能用于急性期的即时诊断，因为产生抗体需要一定时间。

综上所述，实验室确诊耶尔森菌感染通常结合多种方法综合分析结果，以提高诊断准确性。