在选择分离培养基时，主要需要考虑以下几个因素：
1. 目标微生物的特性：不同的微生物有其特定的生长需求，比如营养要求、pH值、温度等。因此，在选择培养基时，应根据目标微生物的特点来决定。
2. 培养基的选择性：为了从混合样本中有效分离出目标菌株，有时需要使用具有选择性的培养基，这种培养基可以抑制非目标微生物的生长或促进特定微生物的生长。
3. 指示功能：某些培养基含有能够通过颜色变化来指示微生物代谢活动的成分，这有助于快速识别和区分不同的微生物类型。
4. 成本效益比：在满足实验需求的前提下，还应考虑到成本因素。选择性价比高的培养基可以节省实验室开支。
5. 安全性与环保：确保所选培养基对操作人员安全无害，并且易于处理和废弃，符合环境保护的要求。
6. 实验目的：不同的研究目标可能需要不同类型或特性的培养基，例如鉴定、定量或是分离纯化等。
7. 适用范围：了解该种培养基是否适用于多种类型的样本以及不同种类的微生物。

综上所述，在选择合适的分离培养基时，应当综合考虑以上各方面的因素，并结合具体实验条件和目的做出合理的选择。