在显微镜下区分细菌和真菌，主要可以通过观察它们的形态、大小和结构特征来进行。下面是一些具体的区别点：
1. 形态差异：细菌的形状相对单一，常见有球形（如葡萄球菌）、杆状（如大肠杆菌）或螺旋形（如螺旋体）。而真菌则形态多样，可以是单细胞的酵母型（圆形或卵圆形），也可以形成丝状结构即菌丝。
2. 大小不同：一般来说，细菌个体较小，直径大约为0.5-5微米；相比之下，大多数真菌细胞较大，尤其是它们的菌丝体，宽度可达3-10微米甚至更大。
3. 结构特点：
   - 细菌没有真正的细胞核，属于原核生物。其DNA通常以环状染色体的形式存在于细胞质中。
   - 真菌具有明确的细胞核界限，是真核生物。它们的细胞核由核膜包裹，并且在分裂过程中可见明显的有丝分裂现象。
4. 染色反应：使用不同的染色方法可以帮助我们更好地识别这两种微生物。例如，革兰氏染色可以将细菌分为两大类（阳性菌和阴性菌），而真菌通常对酸性复红等特殊染料具有较强的亲和力，在显微镜下呈现特定的颜色变化。
5. 生长方式：观察培养基上的生长情况也是区分两者的一个方法。细菌在固体培养基上形成的是圆形、边缘整齐的菌落；而真菌则可能呈现出绒毛状、棉絮状或蜘蛛网状等形态各异的菌丝体。

通过上述特征，可以在显微镜下较为准确地区分出细菌与真菌。但在实际操作中，还需要结合具体的临床样本和实验室条件来综合判断。