检测肺炎衣原体常用的实验室方法包括：
1. 核酸扩增技术（NATs）：如聚合酶链反应（PCR），可以快速准确地从呼吸道样本中检测到肺炎衣原体的DNA。这种方法具有高灵敏度和特异性，是目前诊断肺炎衣原体感染最常用的方法之一。
2. 细胞培养法：将患者标本接种于特定细胞系如Hep-2或 McCoy细胞中进行培养，观察是否产生特征性的包涵体形成单位（IFU）。此方法虽然被认为是金标准，但由于操作复杂、耗时长且需要特殊设备，不作为常规检测手段。
3. 血清学检测：通过ELISA等技术测定患者血清中的特异性抗体水平。急性期与恢复期双份血清样本中IgM或IgA滴度升高4倍以上可辅助诊断肺炎衣原体感染。但需要注意的是，单一时间点的阳性结果不能作为确诊依据。
4. 直接荧光抗体染色：利用标记有荧光素的特异性单克隆抗体直接对呼吸道标本中的肺炎衣原体进行染色，在荧光显微镜下观察。该方法操作简便、快速，但灵敏度和特异性相对较低。
5. 抗原检测：采用免疫层析法或酶联免疫吸附试验（ELISA）等技术从临床样本中直接检测肺炎衣原体抗原。这种方法简单快捷，适用于初步筛查。

在实际应用时，通常会结合多种方法以提高诊断的准确性和可靠性。