抗真菌药物治疗深部真菌感染的原则主要包括以下几个方面：
1. 选择敏感性高的药物：在开始治疗前，应尽可能获取病原学资料，根据药敏试验结果选择最敏感的抗真菌药物。如果无法立即获得药敏结果，则依据临床经验选用广谱或针对常见致病真菌有效的药物。
2. 药物剂量和疗程要适当：根据患者的具体情况（如年龄、体重、肝肾功能等）调整给药剂量，确保达到足够的血药浓度；同时治疗时间应足够长以彻底清除感染灶，避免过早停药导致复发或产生耐药性。
3. 注意药物相互作用及不良反应：在使用抗真菌药物时需关注其与其他常用药物之间的潜在相互作用，并密切监测可能出现的毒副作用，特别是对于长期用药患者更应注意。
4. 个体化治疗方案：针对不同类型的深部真菌感染（如念珠菌、曲霉菌等），以及患者的免疫状态等因素制定个性化的治疗策略。例如，在免疫力低下的人群中可能需要更为积极和广泛的覆盖范围。
5. 联合用药与序贯疗法：对于某些难治性或严重病例，可以考虑采用两种以上机制不同的抗真菌药物联合使用，或者先静脉注射后改为口服维持的序贯治疗模式。
6. 预防继发感染：在治疗过程中还需注意防范其他细菌、病毒等微生物引起的二次感染。