细胞化学染色是诊断和鉴别诊断血液系统疾病的重要方法之一。对于慢性髓细胞白血病（CML），细胞化学染色的应用主要集中在以下几个方面：
1. 过氧化物酶（POX）染色：在CML中，大多数的粒细胞系细胞会显示出强阳性的过氧化物酶反应，这有助于与淋巴细胞性白血病等其他类型的白血病相鉴别。因为淋巴细胞性白血病中的原始和幼稚淋巴细胞通常表现为阴性或弱阳性。
2. 酸性磷酸酶（ACP）染色：慢性髓细胞白血病患者的粒细胞系酸性磷酸酶活性增强，可出现弥漫性强阳性反应；而T细胞急性淋巴细胞白血病则主要见于浆膜内颗粒状阳性。因此，通过此染色可以辅助判断疾病类型。
3. 中性粒细胞碱性磷酸酶（NAP）积分：CML患者中性粒细胞碱性磷酸酶活性降低，表现为低分或者0分，这与多种其他血液病如真性红细胞增多症、慢性淋巴细胞白血病等的高NAP积分形成对比。
4. 铁染色：虽然铁染色主要用于评估骨髓储存铁的情况，在CML中并不作为主要诊断依据，但有时也会观察到巨噬细胞内含铁量增加的现象。
5. 嗜酸性粒细胞染色：部分CML患者可伴有嗜酸性粒细胞增多，此时可通过特异性的染色来确认该现象的存在与否。

综上所述，细胞化学染色在慢性髓细胞白血病的诊断过程中发挥着重要作用，能够帮助医生更准确地识别和分类疾病。然而需要注意的是，这些检测结果需要结合临床表现、血液学特征以及其他实验室检查综合判断。