生物素-亲和素系统的优点主要体现在以下几个方面：
1. 极高的特异性 生物素与亲和素之间的结合具有高度的选择性和特异性，这种特异性的强度甚至超过了抗原抗体反应。因此，在免疫检测中可以大大提高检测的准确度。
2. 高灵敏度 由于生物素分子非常小，可以在不影响其他分子结构的情况下被引入到多种大分子如蛋白质、核酸等中去。这使得一个亲和素分子能够同时结合多个生物素化的大分子，从而形成多级放大效应，提高了检测信号的强度，大大增强了检测方法的灵敏度。
3. 广泛的应用 生物素-亲和素系统可以应用于多种类型的免疫测定技术中，包括但不限于酶联免疫吸附实验（ELISA）、化学发光免疫分析、荧光免疫分析等。此外，在分子生物学研究领域也常常利用这一原理进行基因探针的设计与标记。
4. 易于操作 由于生物素化试剂种类繁多且易于获得，使得该系统的使用非常方便。同时，亲和素或链霉亲和素具有良好的稳定性，便于长期保存和运输。
5. 可逆性 在某些情况下，通过改变溶液条件（如pH值、离子强度等），可以实现生物素-亲和素复合物的解离，这一特性在一些特定的应用中非常有用，比如从复杂混合物中纯化目标分子。