沙门菌感染的确诊主要依赖于病原学检查，具体步骤如下：
首先，采集适当的标本。对于胃肠炎型沙门氏菌感染，通常采取粪便、呕吐物或剩余食物作为检测样本；若怀疑有败血症，则需进行血液培养；如果出现局部化脓性感染，应取脓液或其他相关分泌物。
接下来是细菌分离与鉴定。将采集到的标本接种于选择性培养基如SS琼脂（Salmonella-Shigella Agar）或XLD琼脂等上，在35-37℃条件下孵育18-24小时后观察菌落形态，并挑取疑似菌落进一步做生化反应和血清学试验以明确其是否为沙门氏菌属。
此外，分子生物学方法如PCR技术也可用于快速检测特定基因序列来辅助诊断。例如，可以针对invA基因（一种常见的沙门氏菌特异性基因）设计引物进行扩增，从而提高检出率并缩短检测时间。
最后，对于疑似病例还应结合临床表现、流行病学资料及实验室检查结果综合判断是否为沙门氏菌感染。如果条件允许的话，还可以将分离到的菌株送至专业机构进行药敏试验，以便指导临床治疗方案的选择。
