确认耶尔森菌感染主要依赖于临床症状和实验室检查。在实验室中，可以通过多种方法来检测耶尔森菌的存在，包括细菌培养、生化反应、血清学试验以及分子生物学技术等。
1. 细菌培养：这是最常见的检测方法之一。通常从患者的粪便、血液或腹水等样本中采集标本进行培养。耶尔森菌在普通琼脂平板上生长良好，在25-30°C下培养48小时后可见到小圆形、半透明的菌落。为了提高分离率，可以使用选择性培养基如CIN（木糖赖氨酸脱氧胆酸钠）琼脂或SS（硫酸盐硫代硫酸盐蔗糖）琼脂。
2. 生化鉴定：一旦从培养物中获得疑似耶尔森菌的纯菌株，可以通过一系列生化试验来进一步鉴定。例如，大多数耶尔森菌属细菌能够发酵葡萄糖但不发酵乳糖；部分种类还可以产生β-半乳糖苷酶、尿素酶等。
3. 血清学检测：对于某些类型的耶尔森菌感染（如鼠疫），可以通过测定患者血清中的特异性抗体水平来进行辅助诊断。如果急性期和恢复期双份血清中相应抗体量有4倍以上的升高，则具有重要的参考价值。
4. 分子生物学技术：随着分子生物学技术的发展，PCR等方法也被应用于耶尔森菌的快速检测。通过扩增特定基因片段（如invA、ail等），可以实现对病原体的高度敏感性和特异性识别。

在实际操作过程中，医生会根据患者的具体情况选择合适的检测方案，并结合临床表现和其他辅助检查结果综合判断是否为耶尔森菌感染。