显微镜下观察到的细菌形态特征主要包括以下几个方面：
1. 形状：细菌可以是球形（如葡萄球菌、链球菌），杆形（如大肠杆菌、结核分枝杆菌），螺旋形（如霍乱弧菌）等。
2. 大小：不同种类的细菌大小不一，一般在0.5至5微米之间。通过显微镜可以观察到细菌的具体尺寸，并作为分类依据之一。
3. 排列方式：某些类型的细菌有特定的排列模式，例如葡萄球菌成串或簇状分布；链球菌则呈线性排列；双球菌则是两个细胞紧密相连。
4. 鞭毛与纤毛：部分细菌具有鞭毛或纤毛结构，用于运动。显微镜下可见到这些细长的附属物从细胞表面伸出。
5. 荚膜和芽孢：一些细菌在特定条件下会形成荚膜（一层粘液状物质包围着菌体）或者产生耐热性强的休眠状态——芽孢。这两种结构都可以通过特殊染色技术在显微镜下观察到。
6. 细胞壁特性：革兰氏染色反应可以区分出两大类细菌，即革兰阳性菌和革兰阴性菌，这主要是由于它们细胞壁成分不同所导致的不同着色效果。
7. 内含物：某些细菌内部含有特定的颗粒或晶体，如异染颗粒、硫磺颗粒等，在显微镜下观察时也有助于鉴定细菌种类。

以上就是通过显微镜可以观察到的主要细菌形态特征。在实际工作中，结合其他生化试验结果和临床信息，能够更准确地进行细菌鉴定。