细菌分类主要依据包括形态特征、生理生化特性、遗传学特征以及生态学特征。具体来说：
1. 形态特征：通过显微镜观察细菌的大小、形状（如球形、杆状等）、排列方式等，是最初也是最基本的分类方法之一。
2. 生理生化特性：根据细菌在特定培养基上的生长情况、代谢产物、酶活性等生理生化反应来进行区分。例如革兰氏染色法可以将大部分细菌分为两大类——革兰阳性菌和革兰阴性菌，这是临床上非常重要的一个分类标准。
3. 遗传学特征：随着分子生物学技术的发展，DNA序列分析成为现代微生物分类的重要手段。通过比较16S rRNA基因等保守区域的核苷酸序列差异来确定细菌之间的亲缘关系，并据此构建系统发育树。
4. 生态学特征：考虑细菌的生活环境、寄主范围及其与其它生物或非生物因素之间的相互作用，对于某些特定类型的细菌分类也具有重要意义。
这些特征通常需要综合应用才能准确地对细菌进行分类。在实际工作中，临床
检验技师会结合多种方法和技术来进行细菌鉴定和分类。
