在制备过程中确保抗原稳定性的方法主要包括以下几个方面：
1. 选择合适的保存液：不同的抗原可能需要不同成分的保存液来维持其稳定性。一般来说，保存液中会添加缓冲剂、稳定剂和防腐剂等物质。例如，使用含有蛋白酶抑制剂的溶液可以防止抗原被降解。
2. 控制温度与pH值：保持适宜的温度和pH环境对抗原的稳定性至关重要。过高或过低的温度都可能导致蛋白质变性，而pH值的变化也可能影响其结构完整性。通常情况下，大多数抗原在4℃左右、中性的环境下保存效果较好。
3. 避光保存：光照可能会引起某些化学反应导致抗原失活，因此应尽量避免直接暴露于强光源下。
4. 适当稀释与分装：高浓度的溶液容易产生沉淀或结晶，影响使用。将抗原溶液适当稀释，并分成小份量储存可以减少反复冻融造成的损害。
5. 快速冷冻与缓慢解冻：对抗原进行快速冷冻处理有助于形成细小冰晶，降低对蛋白质结构的影响；而在使用时则应采取缓慢解冻的方式避免温度骤变造成伤害。
6. 添加保护剂：在抗原制备过程中添加适量的糖类（如蔗糖、海藻糖）、多肽或低分子量醇等物质作为保护剂，可有效提高抗原的耐受性和稳定性。

通过上述措施的应用，可以在很大程度上保证抗原在整个制备过程中的稳定性和活性。