常用的真菌染色方法包括革兰氏染色、乳酸酚棉蓝染色、过碘酸希夫染色（PAS）、银染法以及荧光染色等。这些方法各有特点，适用于不同的检测目的和环境。
1. 革兰氏染色：虽然主要用于细菌的鉴别，但有时也可用于观察真菌细胞壁结构。不过，由于大部分真菌不呈现典型的革兰阳性或阴性反应，因此在真菌鉴定中应用较少。
2. 乳酸酚棉蓝染色：这是一种简单快速的方法，特别适合于直接镜检标本中的真菌孢子和菌丝。此方法可以使真菌呈现出蓝色，便于观察其形态特征。
3. 过碘酸希夫染色（PAS）：广泛应用于组织学切片中检测糖类物质，对于显示真菌细胞壁中的多糖成分特别有效。在病理切片分析时经常使用该技术来识别真菌感染。
4. 银染法：能够使真菌结构呈现出黑色或棕色，对某些难以着色的真菌具有较好的效果。此方法常用于组织切片中检测深部真菌感染。
5. 荧光染色：通过结合特定荧光素标记抗体或者使用如Calcofluor White等能与几丁质特异性结合的荧光试剂，可以在紫外光下观察到真菌结构发出强烈荧光。这种方法灵敏度高、背景干净，在临床诊断中具有重要价值。

每种染色方法都有其适用范围和局限性，选择合适的染色技术需根据具体实验目的及样本类型来决定。