在显微镜下识别真菌孢子，主要依据其形态、大小、颜色以及排列方式等特征。下面是一些基本步骤和要点：
1. 准备样本：首先需要将待检测的样本制成切片或涂片，并经过适当的染色处理，如乳酸酚棉蓝染色，以增强真菌孢子的可见度。
2. 观察形态：使用低倍镜初步观察整个视野中的结构，然后转换至高倍镜（10x-40x）详细检查。真菌孢子通常呈圆形、椭圆型或不规则形状，有的可能带有刺状突起或其他特殊结构。
3. 测量大小：利用显微镜下的刻度尺测量孢子的直径和长度，不同种类的真菌其孢子尺寸差异较大，这有助于区分不同的真菌类型。
4. 注意颜色：某些染色方法可以使真菌孢子呈现出特定的颜色，例如棉蓝染液会使孢子呈现蓝色或绿色。此外，在自然状态下观察到的无色透明的孢子也具有重要的诊断意义。
5. 分析排列方式：除了单个存在外，有些真菌孢子还会以链状、簇状等形式出现，这些特殊的排列模式也是识别的重要依据之一。
6. 结合其他特征：在实际操作中，还需要结合菌丝结构、培养特性等信息综合判断。例如，曲霉属的分生孢子头呈放射状或球形；毛霉目则形成典型的“网球拍”样结构。

通过上述步骤和要点，可以有效地提高显微镜下识别真菌孢子的能力。但需要注意的是，准确鉴定某些难以区分的真菌种类时，可能还需要借助分子生物学技术如PCR等方法辅助诊断。