基因工程抗体纯化的主要方法有几种，这些方法的选择通常取决于所需的纯度水平、产量大小以及成本效益。以下是几种常用的纯化技术：
1. 亲和层析法：这是最常用也是最有效的抗体纯化方法之一。通过利用抗体与特定配体之间的高特异性结合能力来实现纯化。例如，可以使用Protein A或Protein G作为固定相，它们能够特异地识别并结合到大多数哺乳动物IgG的Fc区域。
2. 离子交换层析：基于蛋白质表面电荷差异进行分离的技术。根据目标抗体在特定pH值条件下的带电状态选择合适的阳离子或阴离子交换树脂，从而实现与非目标蛋白的有效分离。
3. 尺寸排阻层析（凝胶过滤）：依据分子大小的不同来分隔混合物中的成分。这种方法适用于去除小分子杂质或者浓缩抗体溶液。
4. 反相层析：利用疏水作用力进行蛋白质的分离，通常用于对抗体等生物大分子进行精细纯化或分析。
5. 深度过滤/超滤：不是传统意义上的“层析”技术，但在抗体生产过程中经常被用来预处理样品以去除细胞碎片、细菌等较大颗粒物，或者作为浓缩步骤的一部分。
6. 金属螯合亲和层析：对于某些融合了特定标签（如His-tag）的重组蛋白或抗体，可以通过与固定化的金属离子结合来实现高效纯化。

每种方法都有其优势和局限性，在实际应用中往往需要根据具体情况选择最合适的纯化策略。有时也会将多种技术结合起来使用，以达到更好的效果。