在进行真菌镜检时，主要观察的是真菌的形态学特征。这包括但不限于菌丝、孢子以及它们的排列方式。具体来说：
1. 菌丝：观察是否有分支或不分枝的菌丝存在，注意其宽度、长度、颜色等特性。
2. 孢子：检查是否存在单细胞或多细胞的无性或有性孢子，同时记录下它们的颜色、形状和大小等特点。
3. 特殊结构：某些真菌具有特定形态学特征如假根（Rhizoids）、隔膜（Septa）等，这些也是重要的观察点。
4. 染色反应：通过对样本进行特殊染色（如乳酸酚棉蓝染色、PAS染色等），可以更清晰地看到上述结构，并有助于区分不同类型的真菌。
通过综合分析以上各方面信息，结合临床资料和其他实验室检查结果，可以帮助诊断患者是否感染了特定种类的真菌。
