标记亲和素的常用方法主要有以下几种：
1. 生物素化抗体法：利用生物素与亲和素之间的高亲和力，将生物素标记到抗体上，再通过生物素-亲和素系统实现间接标记。这种方法操作简便，灵敏度高。
2. 直接化学修饰法：采用特定的化学试剂如NHS（N-羟基琥珀酰亚胺）酯、马来酰亚胺等与亲和素分子上的氨基或巯基反应，从而将荧光素、酶、金属颗粒等标记物连接到亲和素上。此方法适用于多种类型的标记物，并且可以控制标记比例。
3. 基因工程法：通过基因重组技术，在表达载体中插入编码目标蛋白的序列以及特定标签（如His-tag, GST-tag）的序列，使亲和素在细胞内与这些标签共表达。之后利用相应的配体或抗体将带有标签的目标蛋白从混合物中纯化出来，并进一步进行标记。
4. 酶联免疫吸附法：将酶（如辣根过氧化物酶HRP、碱性磷酸酶AP）与亲和素结合，形成酶-亲和素复合物。当此复合物遇到底物时会产生颜色变化或发光现象，便于检测。
5. 荧光标记法：使用荧光染料（如FITC、PE等）对亲和素进行直接标记，适用于流式细胞术、荧光显微镜观察等应用场景。

以上就是一些常用的标记亲和素的方法，在实际应用中可根据具体需求选择合适的技术路线。