在显微镜下，细菌可以根据其形状和排列方式被分为几大类。主要的分类包括球菌、杆菌、螺旋菌等。
1. 球菌（Coccus）：这类细菌呈现圆形或椭圆形。根据它们成对出现还是形成链状或其他特定模式，可以进一步细分为双球菌（如肺炎链球菌）、四联球菌、八叠球菌以及葡萄球菌和链球菌等。
2. 杆菌（Bacillus）：杆菌呈现出杆状或柱形。这些细菌可能单独存在，也可能以成对、链状或其他方式排列。例如结核分枝杆菌就属于这一类型。
3. 螺旋菌（Spirillum）和弧菌（Vibrio）、螺杆菌（Helicobacter）：这类细菌具有弯曲或螺旋形的结构。其中弧菌通常呈现逗点形状，如霍乱弧菌；而螺杆菌则更长且更加扭曲，例如幽门螺杆菌。
4. 分枝杆菌（Actinomycetes）和丝状菌（Filamentous Bacteria）：这类细菌形态类似于真菌，生长时可形成细长的分支状结构。它们在某些方面与真菌相似，但实际上是原核生物。
5. 其他特殊形状的细菌：除了上述常见的几种类型外，还有一些具有独特形状的细菌，比如棒状杆菌（如白喉棒状杆菌）、球杆状或卵圆形等。

了解这些基本形态有助于初步识别和分类微生物样本中的细菌。然而，在临床诊断中通常还需要结合其他检测方法来确定具体的菌种及其生物学特性。