衣原体是一类严格真核细胞内寄生，具有独特发育周期，并能通过细菌滤器的原核细胞型微生物。其形态结构具有一定的特点。

在形态方面，衣原体有两种形态，分别为原体和始体（网状体）。原体呈球形、椭圆形或梨形，直径约0.2 - 0.4μm。电镜下可见其有细胞壁，中央有致密的类核结构，是发育成熟的衣原体，具有高度感染性。而始体（网状体）呈圆形或椭圆形，直径约0.5 - 1.0μm，较原体大，无致密核质，而有纤细的网状结构，故又称网状体，它是衣原体发育周期中的繁殖型，不具有感染性。

从结构上看，衣原体具有细胞壁，其细胞壁的组成与革兰阴性菌相似，由肽聚糖和外膜组成。肽聚糖可维持细胞壁的稳定性。外膜含有脂多糖和外膜蛋白等成分，外膜蛋白在衣原体黏附、侵入宿主细胞以及逃避宿主免疫防御等过程中发挥重要作用。

衣原体的细胞质内含有核糖体，这是蛋白质合成的场所，能按照遗传信息合成衣原体生存和繁殖所需的各种蛋白质。同时，衣原体有一个环状双链DNA的基因组，携带了衣原体生长、繁殖和致病等相关的遗传信息，控制着衣原体的各种生物学特性和功能。而且，衣原体在宿主细胞内生长繁殖时会形成包涵体，它是衣原体在细胞内发育的不同阶段的聚集体，不同种类的衣原体形成的包涵体在形态、大小和染色性等方面存在差异，可用于衣原体的鉴别诊断。