真菌检验常用的染色方法有多种，这些方法有助于在显微镜下更清晰地观察真菌的形态结构，从而辅助诊断。
革兰染色是一种基本的染色方法。它利用细菌等微生物对结晶紫和碘液的结合能力以及乙醇脱色的不同表现来区分革兰阳性菌和革兰阴性菌。对于真菌而言，大多数真菌可被染成革兰阳性，呈现紫色。通过革兰染色可以初步观察真菌的形态，如菌丝和孢子的大致形态，但对于一些特殊结构的显示不够清晰。
乳酸酚棉蓝染色也是常用方法之一。该染色液中的乳酸具有杀菌作用，酚可以固定真菌，棉蓝能使真菌染成蓝色。这种染色方法可以使真菌的菌丝和孢子清晰可见，而且标本可以长期保存。它能较好地显示真菌的形态特征，如菌丝的分隔情况、孢子的大小和形态等，对于真菌的分类鉴定有重要意义。
墨汁负染色主要用于观察新型隐球菌。在这种染色方法中，背景被墨汁染成黑色，而新型隐球菌的荚膜在黑色背景的衬托下呈现无色透明状，非常容易观察到其典型的圆形或椭圆形菌体以及宽厚的荚膜。这对于新型隐球菌的诊断具有关键作用，因为其荚膜是该菌的重要特征之一。
过碘酸雪夫染色（PAS染色）。过碘酸能将真菌细胞壁中的多糖氧化成醛基，雪夫试剂中的无色品红与醛基结合形成紫红色产物。真菌会被染成红色，在显微镜下易于识别。PAS染色可以清晰地显示真菌的形态和结构，对于组织中真菌的检测和诊断很有帮助，尤其适用于观察一些在组织切片中的深部真菌。
六胺银染色对真菌的显示效果也很好。它能将真菌染成黑色，背景为淡绿色。这种染色方法可以清晰地显示真菌的细微结构，对于一些难以用其他染色方法观察到的真菌，如组织中的一些深部真菌的菌丝和孢子，六胺银染色可以提供更详细的形态信息，有助于准确诊断真菌性疾病。
